La collezione archeologica, composta da 4751 pezzi, tutti esposti nella cavallerizza di Palazzo Branciforte, comprende materiali di vario tipo, cronologia e natura; in particolare sono presenti ceramiche preistoriche e protostoriche, greche, siceliote, magnogreche e indigene di età arcaica, classica ed ellenistica, oltre a terrecotte architettoniche e votive, bronzi, vetri, avori, monili e gemme. Alla piena età imperiale romana appartiene un’erma bifronte che costituisce anche l’unico esemplare di scultura in marmo: si tratta di un manufatto di particolare pregio tecnico e formale, non comune tra i prodotti artigianali di questo tipo. Nel suo insieme, i materiali della collezione archeologica consentono di ripercorrere alcune vicende della storia antica dell’isola, illustrando in particolare gli aspetti della difficile e complessa relazione tra popolazioni indigene e presenze coloniali greche. Inoltre, la provenienza della maggior parte di questi reperti da contesti funerari costituisce il carattere peculiare della collezione, contribuendo a illustrare significati simbolici, rituali, sistemi di credenze e consuetudini connessi con il mondo della morte.